微生物实验室主要进行微生物学指标的检测工作。分为无菌区和有菌区，拥有无菌工作间、超级洁净工作台、低温生化培养箱、恒温培养箱、超低温冰箱、高速冷冻离心机、程控封口机等实验设施和设备。本实验室可以提供多种环境微生物的检测服务，如菌落总数、总大肠菌群、耐热大肠菌群（粪大肠菌群）、大肠埃希氏菌等，其中进口的超低温冰箱可以提供优质的菌种保藏服务。