分子生物实验室主要研究核酸等生物大分子的功能、形态结构特征。实验室现有仪器：梯度PCR仪、水平电泳、垂直电泳仪、变性梯度凝胶电泳仪、凝胶成像系统、蛋白核酸分析仪等先进仪器，可做聚合酶链式反应、聚丙烯酰胺凝胶电泳、琼脂糖凝胶电泳、变性梯度凝胶电泳等分子实验。其中多数仪器是为基础研究而设，可从分子学角度改良水处理过程中菌种，结合微生物实验室的菌体培养技术，使微生物能更适应、更好的为水处理工艺服务，同时也可为科研人员提供相应层次的试验环境和科研服务。